「Logic Pro」には、高機能で使いやすいトラックベースのオートメーションシステムがあり、これを使ってミックスの作成や再生を完全に自動化することができます。ミックスオートメーションとは、ミキシングコンソール上のフェーダー、ノブ、スイッチの設定を記録、編集、再現し、特に、音量、パン、EQ、および Aux センドなどのコントロールをリアルタイムに制御する操作です。特に制約なく、「Logic Pro」のミックス機能の操作をすべて自動化することができます。さらに、すべてのプラグイン、つまりすべてのエフェクトおよびソフトウェア音源のパラメータでも利用できます。他社製のすべてのプラグインを全面的に自動化できます（ただし、Space Designer のいくつかのパラメータなど、リアルタイムに自動化できない例もわずかながらあります）。

オートメーションは、MIDI リージョンやオーディオリージョンから独立して、「アレンジ」ウインドウのトラックで行われます。オートメーションはまた、「Logic Pro」の状態（再生または録音）とは関係なく、いつでも作成することができます。

「Logic Pro」のトラック・オートメーション・システムはサンプル精度であるため、処理は正確ですが、プロセッサの影響を受けやすくなっています。サンプルアキュレイトモードを部分的あるいは全体的に無効にするには、「Logic Pro」＞「環境設定」＞「オーディオ」＞「一般」パネルと選択し、「サンプル・アキュレイト・オートメーション」ポップアップメニューで設定します。

メモ: MIDI コントローラの値を使ってパラメータを自動化することができます。これは、アレンジ領域でのリージョン単位の自動化機能で、「ハイパードロー」と呼ばれます。