各プラグインタイプには固有のサブフォルダがあります（プラグインにちなんだ名前）。このサブフォルダは、「Plug-in Settings」フォルダに自動的に作成されます。カテゴリに分けるために、これらのサブフォルダの中にさらにサブフォルダを作成することができます。
これらのフォルダ構造は、各プラグインの「ライブラリ」タブ（および「設定」メニュー）に反映されます。最上層の「Plug-in Settings」フォルダは、「~/ライブラリ/Application Support/Logic/Plug-in Settings」にあります。この場所には以下の設定が保存されています：
ユーザ定義のプラグイン設定や編集したプラグイン設定
出荷時設定
メモ: プラグインの「Factory」フォルダにサブフォルダが含まれている場合、「Factory」フォルダは表示されません。このため、サブフォルダから出荷時設定に直接アクセスできます。
プラグイン設定のファイルには、「.pst」という拡張子が付いています。